本堂原隸屬於博愛潮語浸信會。於 1990 年間，政府在慈雲山展開屋邨重建計劃，當中一所位於慈雲山 47 座的自修室要被安排遷至鳳德村，原本協辦自修室之教會決定不再續辦，因此香港浸信會聯會便交出協辦權讓各浸信教會申請。於 1991 年，母會成功向聯會申請了位於鳳德邨碧鳳樓地下 3 至 6 號約 2000 呎的單位作自修室及福音堂之用途，福音堂被命名為「博愛潮語浸信會鳳德堂」，乃母會第一所開設之分堂。 母會當時差派了兩個團契(約 30 多名青少年)到鳳德堂開拓福音工作，於 1991 年 11 月舉行了獻堂感恩崇拜。
十五年過後，鳳德堂於 2007 年進行了一次大裝修，神的供應真豐足，當年籌募得來的裝修基金，不但充足而且有餘。裝修過後，鳳德管理委員會向母會執事會提案：將裝修基金的餘款撥作鳳德堂發展之用；就此我們便開始了「鳳德堂發展基金」的儲備。隨著外在舊有裝修的移除，弟兄姊妹的內在生命也一同更新過來。感謝神的厚恩，祂不但以祂的道更新及重整了眾人的生命，還不斷地把得救的人數加添給教會 。為了配合教會未來的發展，「鳳德堂發展小組」於 2009 年成立了；工作包括：探討場地不足的問題、開設第二堂崇拜、另覓辦公室以騰出空間作兒童教室之用、籌備堂會自立等事宜。
2010 年，發展小組探討了堂會自立的時間表，藉此鼓勵弟兄姊妹要向恩主作出更大的承擔與委身。2012 年，成立了「會章小組」、「人力資源小組」及「財務小組」，並物色不同的弟兄姊妹加入各工作小組，籌備堂會自立之各項事宜正式展開了。幾年間，大家互相配搭，各自發揮恩賜，真的感謝聖靈的預備和引領。2014 年 5 月 18 日，經會友投票後，獨立後之堂會名稱「博恩浸信會」便誕生了。教會被建立、蒙眷佑、直至將來的完全得贖，全都仰賴父神的博大深恩！名稱上有「博」字的保留，包含了承傳自母會之歷史根源。2015 年 1 月 29 日，「博恩浸信會」成功向政府公司註冊處完成註冊，又於同年 7 月成功登記為慈善團體。2016 年 1 月 3 日，我們舉行了立會感恩崇拜同頌主恩，「博恩浸信會」亦正式展開新的一頁。
蒙主賜福及使用，在過去 10 年，教會聚會的人數穩定增長，加上教會內的孩童們亦日漸長大起來，原來在鳳德村碧鳳樓的地方實在不足以應付各項牧養的需要。而另一方面，雖然教會過去 26年一直是以自修室服務社區，但隨著香港整體經濟環境的改善、家庭溫習環境的優化、學生學習模式的改變(偏重小組討論及功課輔導多於個人單獨溫習)，社區對自修室服務的需求已經明顯減少了。為配合教會未來的發展，教牧同工及發展小組成員早於 2015 年已一直同心禱告，並積極探討不同擴展教會的可能性。2017 年，我們憑著信心，決定離開原來的地方，跨步走上另一里程，於新蒲崗寶光商業中心租用了一處地方，繼續開拓福音事工。願教會能繼續為主發光，無論在那個地方，在所屬社區中均能成為燈臺，吸引人認識主浩瀚的恩典，並引導人看見主的博大深恩。